수술 검체 조직 슬라이드 분석 및 처리 1

몇일동안 다룬 뇌종양 조직 슬라이드에 관해 파악한 현재의 상황과 전처리 방법, 그리고 앞으로의 계획에대해서 다룰것이다. 이번 프로젝트인 뇌종양 슬라이드분류는 괴사,미세혈관 분열/증식 등 4가지 분류를 다루며, 각 분류의 라벨은 QuPath라는 앱을 통해 조직 슬라이드를 Annotation하여, 좌표값을 Json으로 나타내는 geojson형태의 파일을 생성한다. https://qupath.github.io/ 기존 병리슬라이드 이미지의 확장자는 tiff이었다. tiff는 PNG이전의 방식으로 고압축 확장자라고 한다. 병리슬라이드는 세포단위로 구성되어있어 이미지의 픽셀사이즈가 커서, 용량이 커, 다른 확장자가 필요하다. 최종적으로 필자는 SVS파일 확장자와 GeoJson의 annotation을 통해 Yolo를..

2023.03.27