수술 검체 조직 슬라이드 분석 및 처리 1
2023. 3. 27. 09:31ㆍTumor/python
몇일동안 다룬 뇌종양 조직 슬라이드에 관해 파악한 현재의 상황과 전처리 방법, 그리고 앞으로의 계획에대해서 다룰것이다.
이번 프로젝트인 뇌종양 슬라이드분류는 괴사,미세혈관 분열/증식 등 4가지 분류를 다루며, 각 분류의 라벨은 QuPath라는 앱을 통해 조직 슬라이드를 Annotation하여, 좌표값을 Json으로 나타내는 geojson형태의 파일을 생성한다.
기존 병리슬라이드 이미지의 확장자는 tiff이었다. tiff는 PNG이전의 방식으로 고압축 확장자라고 한다.
병리슬라이드는 세포단위로 구성되어있어 이미지의 픽셀사이즈가 커서, 용량이 커, 다른 확장자가 필요하다.
최종적으로 필자는 SVS파일 확장자와 GeoJson의 annotation을 통해 Yolo를 빌드업하여, 각 객체를 검출할 것이다.
검출과정 테스트는 다음과같음.
1. 검출할 annotation 즉, geojson에서 feature['geometry']['coordinates']를 가져온다.
2. 가져온 좌표에 따라 이미지를 자르고 저장하여 실제 눈으로 확인하여 테스트한다.
이미지의 용량이 크므로 하나씩 불러와서 이미지를 합병한다.